Aubert, évêque d’Avranches, entreprît au début du VIIIème siècle la construction d’une petite Eglise. La fondation de l’abbaye date de 996 environ. Les bénédictins construisent une église et des bâtiments. La ville se construit alors autour de l’abbaye. Les moines y dressent église, réfectoire, dortoir, promenoirs, aumônerie, etc.

La ville et l’abbaye connaîtront des malheurs vers 1103, d’abord avec l’effondrement d’une partie de l’église puis quelques années après avec un incendie. L’abbé Robert de Thorigny redonnera un éclat au Mont Saint Michel mais les Bretons en marche vers le Mont l’enflamment…

A nouveau, le Mont Saint Michel sera restauré, cette fois-ci par Philippe Auguste.

L’abbé Pierre le Roy construit la tour Perrine, celle des Corbins et le Châtelet qui constituent une véritable défense pour le Mont Saint Michel. L’abbé Robert Jolivet organisa la construction des remparts.En 1434, les Anglais parviennent presque à s’emparer du Mont au prix d’une bataille sanglante.

La bataille de Formigny, en 1450, apportera finalement la paix à la Normandie.

Louis XI y institua l’ordre des Chevaliers de Saint-Michel. Sous la révolution, le Mont Saint Michel devient une prison dans laquelle seront enfermés entre autres 300 prêtres environ.
En 1863, on supprima cette prison.

En 1874, l’abbaye est classée au registre des monuments historiques.